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《黑色孤儿》 第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境

流浪的孤儿Sarah（塔提阿娜·玛斯拉尼 Tatiana Maslany 饰）目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然

瑞内是一位和自己12岁儿子住在一起的单身母亲，瑞内最大的恐惧就是蜘蛛。母子俩不知道的是，他们的一举一动都被偷偷的监视着。一天瑞内的车突然坏了下车检查时被一帮人粗暴的绑架而去。24小时后，瑞内发现自己被带到了实验室里，这里充斥着瑞内最害怕的蜘蛛。绑架瑞内的人告诉她，她特殊的基因可以激发她身体里的变异潜能并将这种异能完全的挥发出来。而唯一能够激发这种潜能的方法就是要忍受自己心里最可怕的恐惧。

Neolution组织正在将科学的界限推往遥远未知的边界，但其代价会是什么呢？神秘人P T Westmorland是这一切的关键，可能已经170 岁的他即将将他的项目带入险恶的结局。对于Sarah和她的姐妹们来说，这是一场毁灭的开始，并且不仅仅是对她们，而是针对整个人类的未来。她们最终能否揭开这个毒瘤的核心秘密？